اولین برخورد شهید باهنر با رژیم شاهنشاهی زمانی اتفاق افتاد که برای تبلیغ به آبادان رفته بود، در همان زمان بود که در سخنرانی اش در خصوص به رسمیت شناختن دولت اسرائیل توسط دولت ایران اعتراض کرد و پس از پایان آن سخنرانی توسط شهربانی دستگیر شد. 

پس از آن در اسفند ماه سال ۱۳۴۲ در سخنرانی هایی که به مناسبت سالگرد شهدای حادثه مدرسه فیضیه انجام میشد دستگیر شد، و پس از آن نیز ۶ بار به زندان های کوتاه مدت محکوم شد؛ تا جایی که از سال ۱۳۵۰ اجازه سخنرانی نداشت. 

شهید محمدجواد باهنر در سال ۱۳۵۷ با فرمان امام خمینی (س) به عضویت در شورای انقلاب درآمد و پس از پیروزی انقلاب اسلامی در سازمان نهضت سوادآموزی مشغول به خدمت شد. او همچنین نماینده مردم کرمان در مجلس خبرگان قانون اساسی، و نماینده شورای انقلاب اسلامی در وزارت آموزش و پرورش بود، و در مجلس اول شورای اسلامی با ۶۴٫۸۰ در صد آرا معادل دو میلیون و ۱۳۴ هزار و ۴۳۴ نفر نماینده مردم تهران شد.